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A lo largo de la vida de una empresa se genera una enorme cantidad de documentación que obliga a disponer de una gran capacidad de almacenamiento. Muchos de esos documentos pueden conservarse en formato electrónico, con el consiguiente ahorro de espacio, como los impuestos y comunicaciones de la Agencia Tributaria y la Seguridad Social.
Sin embargo, hay otros, como las escrituras, los contratos mercantiles o las facturas, de obligatoria conservación en formato físico. Así, los documentos notariales, las variaciones censales, las actas de inspección o los libros de visitas deben conservarse durante toda la vida del negocio.
Por otro lado, los documentos que sirven como soporte a los impuestos, es decir, las facturas, pueden permanecer en la empresa durante un tiempo limitado para proceder luego a su destrucción. El artículo 30 del Código de Comercio explica "los comerciantes conservarán los libros, correspondencia, documentación y justificantes concernientes a su negocio, debidamente ordenados, durante seis años a partir del último asiento realizado en los libros". Esta norma afecta tanto a autónomos como entidades mercantiles, y se dilata aunque se cese la actividad empresarial.
Las facturas de inmovilizado reciben un tratamiento diferente, puesto que no podrán destruirse mientras se estén practicando amortizaciones. Del mismo modo, los sujetos pasivos del Impuesto de Sociedades deben atenerse a un plazo más amplio si están aplicando compensación de bases imponibles negativas. El plazo de compensación es de 18 años desde que se produce el resultado negativo. Eso implica que la empresa tendrá que justificar documentalmente el origen de ese resultado en todos los ejercicios en los que aplica la compensación, siempre y cuando la Agencia Tributaria se lo requiera.